在肉身层面认识耶稣（特别是雅各）的使徒们与使徒保罗存在巨大分歧，他们憎恶他的教导，并认为保罗所传讲的与耶稣的教导相悖。
这是一种毫无证据支持的诽谤，可以通过新 Testament 中的证据轻易驳斥。
《使徒行传》15:1-4 表明，当出现神学分歧时，保罗和巴拿巴前往耶路撒冷，并受到使徒和长老的热烈欢迎。
《使徒行传》15:4：
他们到了耶路撒冷，教会和使徒并长老也接待他们，他们就述说神凭他们所行的事。
大会最终达成了一致立场。
《使徒行传》15:25-26：
...以为拣选人，差与我们同爱的巴拿巴和保罗，他二人是为我们主耶稣基督的名，已经将性命舍了。
怀疑论者常将《使徒行传》与《加拉太书》对立起来。他们辩称，路加（《使徒行传》的作者）提供了一部高度风格化、经过“调和”的历史记载，以显示早期教会完全团结。
他们会引用《加拉太书》2:11-14（安提阿事件），其中保罗公开责备彼得与外邦信徒分开，认为《使徒行传》中的“热情接待”掩盖了更为深刻和痛苦的竞争关系。
然而，安提阿冲突的存在本身就证明了彼得和保罗共享相同的神学标准。保罗责备彼得，并非因为彼得的 theology 不同，而是因为他不 hypocrisy——其行为不符合他们所共同认同的福音真理。
在《加拉太书》第2章中，保罗指出詹姆斯、矶法（彼得）和约翰——早期教会所公认的核心柱石——将“团契的右手”交给了保罗和巴拿巴，并完全认可保罗向外邦人传道的职事。
加拉太书 2:3：
就连与我同去的希腊人提多，也没有被强迫受割礼。
加拉太书 2:9：
……那公认的柱石詹姆斯、矶法和约翰就与我们握手，表示认同，叫我们向外邦人传福音，他们向内行割礼的人传福音。
保罗称詹姆斯、矶法和约翰为“看似是柱石”的人，并补充说：“他们原本是什么身份，对我并没有影响；因为上帝不偏待人”（加拉太书 2:6）。批评者声称这表明保罗对耶路撒冷的领袖存在潜在的紧张关系和防御姿态。
尽管存在个人情感强度或文化摩擦，但历史结果是不容置疑的：他们没有强迫提多（一位外邦人）受割礼（加拉太书 2:3）。这一神学判定完全捍卫了保罗关于恩典的福音。“团契的右手”在古代世界是一份正式且具有约束力的合伙契约，而不仅仅是一句 superficial 的问候。
在《彼得后书》3:15-16中，彼得明确称保罗为“亲爱的兄弟”，并将保罗的书信归类为“其余的经卷”，证明早期教会视保罗的作品为神圣启示。
彼得后书 3:15-16：
……并且以我们主长久忍耐为得救的因由，正如我们所亲爱的兄弟保罗也照着所赐给他的智慧写给你们信。他在这所有的信中都是论到这些事；信中有一些难明白的，那无学识、不稳定的人强解，如强解别的经卷一样，就自取沉沦。
在世俗的圣经批判学中，《彼得后书》是关于保罗/彼得作者身份争议最大的书信，批评者声称它是由早期2世纪的一位抄写员所著，试图通过拼凑彼得和保罗的记忆来强行统一。
在《彼得前书》5:12中，彼得提到他是在西拉（Silvanus）的帮助下写信的——这位正是曾与保罗 extensively 同行的宣教同伴。这表明两位使徒之间存在不可否认的、重叠的核心圈子以及共同的服事网络。
在《使徒行传》21:17-24中，雅各和长老们欢欢喜喜地迎接保罗，并为他的事工赞美上帝。雅各提到了有人传言保罗劝犹太人放弃摩西律法，但雅各明确指出这些传言是假的，并要求保罗加入拿细耳人的誓愿，纯粹是为了向公众证明这些传言毫无根据。
《使徒行传》21:20：
他们听见就赞美神，又对保罗说：“弟兄，你看犹太人中有多少万的人都信了，并且都为律法热心……”
《使徒行传》21:24：
……带着这些人去，和他们一同行洁净的礼，替他们打发银钱，好叫他们剃头发。这样，众人就可以知道，从前所听说你事的内容都是虚的；你又自己循规蹈矩，遵行律法。
批评家们认为，如果保罗真的相信“基督是律法的终结”（罗马书 10:4），那么他参与涉及动物献祭的圣殿仪式（民数记 6）要么是伪善的表现，要么是证明雅各强迫保罗屈服于耶路撒冷法律主义的权威。
保罗自己在《哥林多前书》9:20 中的传教策略是：“向犹太人，我就作犹太人，为要得犹太人。”保罗并不相信守律法能使人得救，但他也认为犹太人的文化习俗本身并非罪恶。他参与誓愿并非神学上的顺服，而是为了维持和平并为福音传播敞开门路所作的牧养性、战术性让步。
他们的书信中存在神学上的一致性。彼得（彼得前书 1:18-19）和保罗（以弗所书 1:7）都宣扬唯独藉着基督的血才能得救，并且两人都引用了完全相同的旧约基石预言（以赛亚书 28:16，诗篇 118:22）来描述耶稣的权柄（参罗马书 9:33 和彼得前书 2:6）。
保罗在《罗马书》9:33
……正如经上所记：“看哪，我在锡安放一块绊脚的石头，跌人的磐石；信靠他的人必不至于羞愧。”
彼得在《彼得前书》2:6
因为经上记载：“看哪，我把所拣选、所宝贵的房角石安放在锡安；信靠的人必不至于羞愧。”
真正的神学敌人不会分享完全相同的、新颖的、受圣灵启发的释经。他们宣讲同样的基督，同样的十字架，同样的复活，以及同样的福音。