尽管伊斯兰传统将《古兰经》定位为一本“清晰的经典”，旨在纠正当前的宗教典籍，但批判性分析揭示了一系列内部的时代错置和外部的历史矛盾，对其宣称的神圣起源提出了挑战。
在基督教护教学中，关于《古兰经》的一个核心论点是其包含似乎借用自既有内容的材料，特别是在第27章（蚂蚁章）中。护教人士指出，所罗门与示巴女王的叙事与《第二塔尔古姆》（Targum Sheni，以斯拉斯语对《以斯帖记》的阐释）有着惊人的相似之处。
这些叙述代表了对公元7世纪中东地区流传的犹太民间传说和叙利亚基督教传说的“抄袭”。从这一批判视角来看，《古兰经》的主要编纂动机在于当时的阿拉伯人缺乏属于自己的“经典”，因此借鉴周围的宗教传统，以确立独特的民族和精神认同。
引用的主要例子之一是《古兰经》中关于尔撒（Isa）之母（即麦尔彦/Mary）的身份描述，《古兰经》称其为亚伦的姐妹、暗兰的女儿。从时间顺序来看，这似乎将童贞女马利亚与旧约中的米利暗混淆了，两者之间相差超过1,400年。
同样，《古兰经》法老被描绘成与哈曼（Haman，历史上在《以斯帖记》中与波斯帝国有关联的人物）一起建造一座土塔，以便抵达摩锡的神。批评者认为，这些叙述表明对圣经时间线的误解，将不同世纪的人物荒谬地置于同一个当代背景中。
《古兰经》的文本反映的是7世纪对宇宙的理解，而非神圣的全知。例如，《古兰经》将星辰描述为用于投掷恶魔的导弹（masabih）（见67:5），这种字面主义的神话与天体物理学的现实相悖：遥远的数亿英里之外，恒星是巨大的核反应炉。同样地，支持者指出，《古兰经》提到山是“桩”或根基（见78:6-7），并以此作为均衡说的前兆；但地质学家指出，山脉是由构造折叠和火山活动形成的，而非防止地震的“稳定器”——事实上，大多数地震活动恰恰就发生在这些“桩”所在的位置。
所谓的“19奇迹”被批评为确认偏误和“德克萨斯神射手”式数字神秘主义的经典案例：数据被挑拣利用，甚至经文本身也被篡改（通过删除第9章的某些节文）以强行凑合数学规律。
历史证据和伊斯兰传统本身都揭示了一部诞生于混乱、由委员会编辑并遭受系统性删减的文本。
无中断口传链的神话在叶麻玛战役中早期就已破灭。穆罕默德死后，大量背诵启示的“库拉”（诵读者）在战斗中阵亡。这一重大伤亡事件令早期的同伴们陷入恐慌，他们意识到，《古兰经》的广阔篇章正随着烈士们的死亡而 literally（字面上地）消亡。
内部机制中的“废止”原则（Naskh）进一步削弱了该书“完美”的主张。该教义承认，真主经常改变主意，删除先前的节文并用其他节文取代。批评者合理地问道：如果《古兰经》存在于天上的永恒金板上，那么一部永恒的文本如何能受到地球上“废止”的影响？