几十年来，向公众展示的穆斯林正统叙事一直是绝对化的：《古兰经》自穆罕默德时代以来，字斟句酌、逐音不差地得到完美保存，毫无改变。然而，随着资深学者和现代文本批评日益进入公共视野，这一叙事已从根本上出现裂痕。从早期历史共识问题到现存手稿的物理证据，《古兰经》完美保存的说法与伊斯兰教自身的 foundational 资料来源相悖。以下梳理主要论据与证据，证明《古兰经》在历史进程中经历了修改、遗失以及人为的正典化过程。
根据早期的圣训文献和古典伊斯兰注释，在标准文本最终定稿之前，《古兰经》的整章和无数节经文已遗失或被修改。
穆罕默德明确指出有四位权威人士供穆斯林学习《古兰经》，并优先推荐阿卜杜拉·伊本·麦斯欧德（Abdullah ibn Masud）。然而，这四位顶级权威的文本传统与当代《古兰经》直接矛盾。
伊本·麦斯欧德的个人抄本仅包含111章（苏勒）——他完全拒绝第1、113和114章，声称它们只是祈祷词。相反，乌拜伊·伊本·卡卜（Ubayy ibn Ka'b，另一位顶级诵读者）包含了额外的两章（Al-Hafd 和 Al-Khal'）。
（Sahih al-Bukhari 4944）：阿布·达尔达（Abu al-Darda）和伊本·麦斯欧德的同伴作证说，先知明确教导他们诵读第92章第3节为 “凭借男人和女人”。
尽管这一记载有先知最推崇的导师作为支持，但现代文本包含乌斯曼（Uthmanic）变体：“凭他创造了男人和女人的。”
阿布·达尔达以真主的名义起誓，他绝不会采纳现代的读法，这确立了同伴与现行《古兰经》之间永久的分歧。
Companion Abu Musa al-Ashari（同伴阿布·穆萨·艾什尔里召集了巴士拉300位顶级诵读者，并警告他们长时间诵读会导致记忆力衰退。他承认，他们曾经诵读过一部长度与严厉程度都类似于《光明章》（Surah al-Bara'at，第9章，约129节）的章节，但如今已完全被人遗忘，仅存下一节关于“亚当之子”的经文。他指出，还有第二部长篇章节类似于《赞颂章》（al-Musabbihat），也同样遗失在人类的记忆之中。这些章节及其幸存的经文在当今的《古兰经》中均不存在。
阿伊莎（Aisha）报告称，有一段确立通过“十次清晰的吸吮”建立法律上母子关系的启示，后来被“五次”取代。这段经文在被记录并诵读直到先知去世之前都曾是有效文本。因为这些经文在先知去世时是正典的一部分，所以它们不可能经历过先知的废止——然而，它们却缺失在现代正典之外。
此外，传统记载指出，记录有关成人吸吮奶水及用石头处死罪行之书写的经文曾保存在她的床下，后被家中动物吞食而永久遗失。
在阿布·伯克尔（Abu Bakr）时期将《古兰经》收集成单一手稿的最初推动力源于恐慌，而非系统的规划。雅玛玛战役（Battle of Yamama）中伤亡惨重之后，欧麦尔（Umar）担心如果剩余的诵读者（qurra，即记忆者）继续死亡，《古兰经》将会永久失传。演讲者指出，这一点与现代叙事中声称“仅凭记忆就能保证完美保存”的说法相矛盾。
当栽德·本·萨比特（Zayd ibn Thabit）被命令编纂这些零散的文字时，他表示抵制，问道为何他们要从事先知穆罕默德本人从未授权的异端创新（bid'ah）。栽德有一句名言称，搬运一座山都比从棕榈茎、石头和人类记忆中收集这些碎片化的文字更容易。至关重要的是，《复临章》（Surah at-Tawbah）的最后几节经文仅从一个人（阿布·胡宰玛·安萨里 Abu Khuzaima al-Ansari）处找到，这让编纂者无法通过其他的记忆或文本交叉验证其准确性。
存在一种 universally agreed-upon（普遍公认）的唯一正典文本是一个现代神话；历史上，统一文本是通过国家强制性的销毁行动强行确立的。
穆罕默德去世大约20年后，来自不同地区的穆斯林军队因为《古兰经》诵读方式的差异而濒临互相屠杀之际。胡宰法·本·叶曼（Hudhayfah ibn al-Yaman）恳求哈里发奥斯曼在穆斯林社群像犹太人和基督徒那样因圣书分裂之前介入干预。
为了解决神学危机，奥斯曼组建了一个小型政治委员会——主要由其家族成员以及不在先知授权诵读者名单中的人员组成——以重写《古兰经》。他们利用哈芙萨（Hafsa）手中保存的手稿，起草了采用古莱氏（Quraishi）方言的标准副本。
完成后，奥斯曼颁布命令，要求将所有其他带有变体的个人抄本、残片和完整手稿系统性焚毁。这种政治抹除遭到了激烈的抵抗；阿卜杜拉·伊本·马苏德（Abdullah ibn Masud）在库法（Kufa）公然反叛，命令他的追随者隐藏并掩藏他们的个人经卷，而不是将其交给奥斯曼的大火中烧毁。
即使在奥斯曼强制标准化之后，由于早期阿拉伯语文字极其原始，完全缺乏短元音和点号，文本中的差异依然存在。
由于早期手稿缺少区分不同辅音的点（例如：baa, taa, thaa, noon 和 yaa 这些字母共享完全相同的骨架笔画），8 世纪和 9 世纪的人类诵读者必须系统地选择如何诵读文本。
几个世纪后，穆斯林学者正式选定并确立了不同的“诵读”（Qira'at）。今天，在穆斯林世界中存在多个正典版本——最著名的是哈芙斯（Hafs）（在全球 90% 的地区占主导）和瓦什（Warsh）（在北非占主导）。这些并非区域口音的细微差别；它们包含不同的词汇，从根本上改变经文的含义、语法和神学。
这不仅仅是口音或方言的差异；它们包含改变经文含义的不同词汇。
| 经文 | 哈芙斯版本诵读 | 瓦什版本诵读 | 神学/语言学差异 |
|---|---|---|---|
| 第1章4节 | Maliki（“……日的主”） | Meliki（“……日的王”） | 拥有不同主权神学细微差别的独立名词。 |
| 第2章140节 | Taquluna（“你们说”） | Yaquluna（“他们说”） | 将句子的主语从直接指控转变为第三人称叙述。 |
| 第3章146节 | Qatala（“战斗/击杀”） | Qutila（“被杀”） | 将先知的历史行为从仅仅是战斗变为实际上被屠杀。 |
| 第5章6节 | Arjulakum（洗你们的脚） | Arjulikum（擦你们的脚） | 一种语法变体，从根本上改变了逊尼派和什叶派传统之间的日常净仪（Wudu）实践。 |
preservation（抄本保存）的危机已不再仅仅是外部批评者使用的论点；它已被顶尖穆斯林学者公开承认。
在2020年一次广为流传的访谈中，著名的西方穆斯林学者亚西尔·卡迪（Yasir Qadhi）博士向护教士穆罕默德·希贾布（Muhammad Hijab）承认，关于经文逐字逐句、完美保存这一传授给普通穆斯林的“标准叙事”存在重大且无法辩护的漏洞。
卡迪承认，虽然公众被灌输了关于文本绝对统一性的简单化故事，但高级研究生和历史批判学者发现，传统的关于“哈鲁夫”（Ahruf，读音模式）和“基拉阿特”（Qira'at，诵读方式）的神学解释在面对原始抄本和圣训证据时显得极其尴尬、未解且完全不可维持。
当经受住历史、抄本传承以及伊斯兰内部传统的检验时，那种无瑕疵、逐字逐句保存的叙事便分崩离析。历史现实揭示出，在穆罕默德生前，文本高度流动；由于人类的遗忘和意外损失，缺失了整章和整节经文；经政治当局以暴力手段标准化并审查；受早期阿拉伯文字局限而有所改动；并在相互竞争的传承中分裂成成千上万种文本异文。
最终，现代护教士极力掩盖这些事实的绝望诉求，反而进一步强调：《古兰经》的真实历史是对伊斯兰权威根基的一个深刻脆弱点。